Les rejets domestiques sont, quand ils ne sont pas ou mal traités, une source de pollution non négligeable des cours d’eau.
 
Face aux investissements lourds que les systèmes d'assainissement (réseaux "tout à l'égout" et stations d'épuration) représentent et du fait de la technicité de ces systèmes, le Conseil général accompagne les collectivités en subventionnant les travaux réalisés et en mettant à leur disposition un Service d’Assistance Technique aux Exploitants de Station d’Épuration (SATESE), qui leur apporte aide et expertise technique pour le fonctionnement optimal de leurs outils d’assainissement.
 
Aujourd’hui les principaux gros points noirs de l’assainissement domestique en Sarthe sont éradiqués. Des effets tangibles se vérifient sur la qualité des eaux superficielles qui s'améliore.
 
Une deuxième étape se profile avec la remise à niveau ou la création des petites stations collectives.

Depuis 1992, le Conseil général réalise un suivi de la qualité d’un certain nombre de cours d’eau sarthois.
Le suivi consiste à prélever, sur des sites bien identifiés, et à une fréquence donnée, des échantillons d’eau qui sont analysés. Certains paramètres physiques sont également mesurés (température, pH et transparence) et une fois par an, sont réalisés des indices biotiques globaux généraux.
Ces indices consistent en des prélèvements des invertébrés (crustacés, larves d’insectes) présents dans le milieu et l’analyse de leur fréquence.
La présence ou l’absence de ces animaux, ainsi que leur nombre est un bon indicateur de la qualité de l’eau sur une période assez longue. En effet, la présence d’espèces les plus    fragiles et les plus exigeantes en terme de milieu (larves de libellules par exemple) indique des milieux d’excellente qualité. A contrario, la prolifération d’espèces sans grande exigence indique un milieu pauvre et une qualité médiocre (sangsue, chironomes..)
 
La synthèse de l'ensemble de ces mesures permet d’évaluer la qualité d’un cours d’eau à un point donné.